Принц Перзије: Два престола је 3Д авантуристички платформер са огромним бројем загонетки и непријатеља, и наставак је претходна два дела. Принц од Персије, пошто је убио чувара Времена Дахакуса, враћа се у Вавилон заједно са царицом Кајлином, али на путу кући њихов брод је нападнут. Кејлина је заробљена и убијена. Песак времена, који је напустио тело девојке, пада на принчеве ране задобивене у борби и ствара његовог мрачног двојника. Сада је принчев задатак да победи своје мрачно „ја“ и ослободи краљевство.