Príncipe da Pérsia: os dois tronos é um jogo de plataformas de aventura 3D com um grande número de quebra-cabeças e inimigos, e é uma continuação das duas partes anteriores. O Príncipe da Pérsia, tendo matado o guardião do Tempo Dahakus, retorna à Babilônia junto com a Imperatriz Kaileena, mas no caminho para casa seu navio é atacado. Kaylina é capturada e morta. As Areias do Tempo, que deixaram o corpo da garota, caem sobre os ferimentos do Príncipe recebidos em batalha e criam seu sósia sombrio. Agora a tarefa do príncipe é conquistar o seu próprio “eu” sombrio e libertar o reino.