Silent Hunter 3 to kolejna część serii symulatorów walki morskiej, w której powierzono nam dowodzenie tajnym okrętem podwodnym klasy U, wykonując misje bojowe otrzymane od dowództwa w bitwach morskich podczas II wojny światowej (np. eskortowanie i ochrona alianckich karawan, niszczenie konwojów wroga i pojedynki taktyczne z okrętami podwodnymi przeciwnika).