Разработка
В ноябре 2018 года, за месяц до выхода «Человека-паука: Через вселенные», «Sony Pictures Animation» начала разработку продолжения фильма, из-за невероятной шумихи вокруг проекта. Сиквел должен был продолжить историю Майлза Моралеса / Человека-паука, работающего над «семенами, посеянными» в течение первого фильма. Жуакин Душ Сантуш и Дэвид Каллахэм были настроены на режиссуру и написание фильма с Эми Паскаль вернувшись с первого фильма в качестве продюсера. Другие продюсеры первого фильма — Фил Лорд, Кристофер Миллер, Ави Арад и Кристина Штейнберг — также были настроены вернуться к продолжению. В следующем месяце Паскаль рассказала, что фильм будет посвящён Моралесу и Гвен Стейси в исполнении Хейли Стайнфелд, что бы развить роман между двумя персонажами, который был вырезан из первого фильма. Она также добавила, что продолжение послужит и запуском для ранее анонсированного женского спин-оффа со Стайнфелд в главной роли. В ноябре 2019 года «Sony Pictures Entertainment» официально подтвердила продолжение, установив дату выхода на 8 апреля 2022 года. Было подтверждено, что Лорд и Миллер вернутся в качестве продюсеров. Внося изменения в расписание съёмок в апреле 2020 года из-за пандемии коронавируса, Sony перенесла дату выхода фильма на 7 октября 2022 года.
В феврале 2021 года Миллер сообщил, что они с Лордом работают над сценарием фильма вместе с Каллахэмом, а Питер Рэмси будет исполнять обязанности исполнительного продюсера для сиквела после со-режиссирования первого фильма. В апреле того же года Кемп Пауэрс и Джастин Томпсон были объявлены сорежиссёрами сиквела вместе с Душ Сантушем, и все трое работали над проектом с самого начала его разработки. Томпсон ранее работал художником-постановщиком в первом фильме. Было подтверждено, что Арад и Стейнберг вернутся в качестве продюсеров вместе с Лордом, Миллером и Паскаль, а также Алонзо Рубалькаба будет сопродюсером, а Адитья Суд будет исполнительным продюсером вместе с Рэмси. В декабре 2021 года Лорд и Миллер объявили, что фильм будет разделён на две части после того, как они написали историю, которую хотели рассказать для продолжения, и поняли, что это слишком много для одного фильма. Работа над обеими частями велась одновременно. В апреле 2022 года названия двух сиквелов были изменены на «Человек-паук: Паутина вселенных» и «Человек-паук: За пределами вселенных», а даты их выпуска были перенесены, причём «Паутина вселенных» была перенесена на 2 июня 2023 года. Лорд и Миллер рассказали, что сиквел будет такого же масштаба, как и первый фильм, в итоге над фильмом работала самая большая команда из всех анимационных фильмов, над которым работало около 1000 человек. Они сказали, что в фильме будет присутствовать 240 персонажей, и действие будет происходить в шести вселенных.
Подбор актёров
В декабре 2018 года Шамик Мур и Хейли Стайнфелд рассказали, что они повторят свои роли Майлза Моралеса и Гвен Стейси из первого фильма. В ноябре 2019 года Фил Лорд заявил, что в фильме появится Такуя Ямасиро, японский Человек-паук из телесериала 1978 года. В августе 2020 года Джейк Джонсон выразил надежду, что сможет повторить свою роль Питера Паркера из первого фильма в сиквеле. Исса Рэй получила роль Джессики Дрю / Женщины-паука в июне 2021 года, и Джонсон подтвердил, что вернётся в сиквел через месяц, а в декабре было подтверждено, что Оскар Айзек будет повторять свою роль Мигеля О’Хара / Человека-паука 2099 из сцены после титров первого фильма. Также в декабре Том Холланд, который играет Питера Паркера / Человека-паука в кинематографической вселенной Marvel, рассказал, что Эми Паскаль обратилась к нему по поводу появления в фильмах «Через вселенные» во время съёмок фильма «Человек-паук: Нет пути домой» (2021). Холланд и его партнеры по фильму Зендея и Джейкоб Баталон выразили заинтересованность о появлении в будущих фильмах.
В апреле 2022 года было объявлено, что Брайан Тайри Генри и Луна Лорен Велес повторят свои роли родителей Майлза из первого фильма, в то время как Рейчел Дрэтч была выбрана на роль директора школы Майлза. В июне Лорд, Миллер и режиссёры объявили, что главным антагонистом фильма станет персонаж Пятно, которого озвучит Джейсон Шварцман. Пауэрс отметил, что Пятно оставил один из «самых глубоких следов среди прочих врагов Человека-паука», но съёмочной группе были интересны его навыки, которые позволяют персонажу перемещаться между мирами. Также стало известно, что Шей Уигем и Йорма Такконе озвучат Джорджа Стейси и Стервятника соответственно. В ноябре 2022 года было подтверждено участие Дэниела Калуи в качестве голоса Хобарта «Хоби» Брауна / Паука-панка.
Дизайн и анимация
Лорд объявил, что работа над дизайном новых персонажей в фильме началась в ноябре 2019 года, художник комиксов Крис Анка позже сказал, что он служил дизайнером персонажей в фильме. В июне 2020 года ведущий аниматор фильма Ник Кондо объявил о начале производства. Различные вселенные, которые будут показаны в фильме, были созданы так, как будто каждая из них была нарисована разными художниками. Земля-65, родной мир Гвен Стейси, была разработана так, чтобы выглядеть как «импрессионистический» рисунок акварелью. Команда аниматоров создала симулятор для производства этого стиля и использовала визуальную палитру, которая отражает настроение Гвен как «трёхмерное кольцо настроения».
Дизайн Майлза в сиквеле был обновлён, чтобы показать, что он повзрослел, в то же время Гвен получила новые причёску и костюм. Рик Леонарди, один из создателей Человека-паука 2099, был привлечён для адаптации в фильме своих дизайнов, в то время как художнику комиксов Брайану Стилфризу поручили разработку внешнего вида Джессики Дрю. В процессе фильма образ Пятна меняется по мере получения им большего контроля над своими способностями, начиная со стиля, который выглядит как «незаконченный скетч с синими контурами, с которого начинается процесс создания художником комиксов набросков, и после которого дело переходит к покраске». По задумке, порталы Пятна должны были выглядеть как «живые чернила, разлитые или разбрызганные рисунке художника комиксов», что стало вызовом для команды аниматоров. Дизайн Стервятника вдохновлён эпохой Возрождения и ссылается на работы Леонардо да Винчи.