Prince of Persia: The Two Thrones — это трехмерный приключенческий платформер с огромным количеством головоломок и врагов, являющийся продолжением предыдущих двух частей. Принц Персии, убив стража Времени Дахакус возвращаются в Вавилон вместе с Императрицей Кайлиной, но пути домой на их корабль нападают. Кайлина попадает в плен, где ее убивают. Пески Времени, покинувшие тело девушки попадают на раны Принца, полученные в бою и создают его темного двойника. Теперь задачей принца является — победа на собственным темным «Я» и освобождение королевства.